2001 májusában 10 gyöngyösi fiatalember újra életre keltette a gyöngyösi vizilabdát azzal a céllal, hogy a nagy hagyományokkal és eredményekkel büszkélkedõ vizisportok (úszás, uszonyos búvárúszás) mellett egy újabb lehetõséget teremtsen a sportolni vágyó fiatalok számára! A kezdeti nehézségek után a 2001-2002-es bajnokságba már 16 fõvel nevezett a csapat. Ez a szezon a gyakorlásé és a tapasztalat szerzésé volt. 2002 második felében jöttek az eredmények és az elsõ bajnoki sikerek.

2002. április 25. egy újabb állomás az Alligátorok történetében. 40 fõ részvételével beindult a gyöngyösi vizilabda utánpótlás nevelése, s igy közel 60-65 fõ sportolása válik lehetõvé szervezett keretek között. Az egyesületi élet az utánpótlás beindításával igazi fordulatot vett. A hobbi szintû sportolás presztizzsé vált minden résztvevõ számára, hogy a 8-12 éves srácok majd átvegyék és késõbb felsõbb osztályba vigyék a Gyöngyösi Alligátorokat. Ebben minden segítséget és támogatást meg fogunk kapni támogatóinktól.

2002. decemberében útjára indítottuk a Mátra-kupa elnevezésû meghívásos vízilabda tornát, melynek idõvel komoly hagyományt szeretnénk biztosítani.

2003. június 14-én a csapat klubbá alakult.

2007. május 14-től 2008. június 8.-áig a Gyöngyösi Strandfürdőn felújítást végeztek. Ez idő alatt a csapat a Kálváriaparti tanuszodában tartott edzést, míg a gyöngyösi bajnokságokat Egerbe helyezték át. A strandfürdő június 8.-án megnyílt. A fürdőt innentől Gyöngyösi Strand és Termálfürdőnek nevezik. A csapat azóta már itt tart edzéseket és játszik  mérkőzéseket. Június végén egy Strand Szezonnyitó Partival Gyöngyös lakossága is birokba vehette az új strandot.

2008. szeptemberében kezdődött meg az újabb versenyszezon, amelynek első fordulója Gyöngyösön zajlott le, több kevesebb sikerrel. A fordulók során jártunk Szentesen, Békéscsabán, Pápán, és a budapesti Hajós Alfréd uszodában is. Sajnos nem jól zártuk a szezont, az OB II/B csoportban utolsó helyezést értünk el, de készülünk a következő szezonra, amelyen reméljük sikeresebbek leszünk.

2009-2010 versenyszezon alapszakaszában utolsó helyezést értünk el. Majd a Rájátszásban harmadikok lettünk. A helyosztó Pápa ellen zajlott. Végeredmény: 18. hely